Това е реакцияна отмиране на микроби, при което се получават много токсични продукти. Пречистващите системи на организма не успяват да се справят с тях и се получава картина на интоксикация. Тази реакция е наречена на името на немския физик Д-р Карл Херцхаймер. Такава реакция се получава, когато в организма има голям брой патогенни микроби чувствителни на съответното лечение: синтетични антибиотици, Цитросепт, а в миналото - някои екстракти, колоидално сребро и др.
На практика тази реакция много прилича на клиничната картина на една от фазите при доста инфекциозни заболявания - фазата на интоксикация, но при нея механизмите са други. 
Напрактика повечето хора са в добро здравословно състояние, затова не проявяват видими признаци за ефекта на Херцхаймер, когато започнат прилагането на Цитросепт.
Ако изобщо се прояви, тази реакция на отмиране (die-off)  има различен характер, в зависимост от вида и тежестта на здравословния проблем. Тя може се изразява с един или комбинация от следните симпотми: главоболие, разстройство или запек, сърбеж, дори кожни обриви, температура, мускулни болки, неразположение, което по правило отминават за три-пет, до седем дни. В такъв случай дозата трябвада се намали, да се увеличи приема на течности, да се премине на по-лека плодово-зеленчукова диета.  Пациенти с хронични заболяваняи, а още повече с кандидоза, трябва да осъзнават, че ако в хода на лечението с Цитросепт  евентуално се прояват подобни симптоми, това е признак, че терапията е в правилна посока.
За да не се прояви реакцията на отмиране се препоръчва следното: когато Цитросепт се приема запръв път в живота, трябва да се започне с минимална доза,  например 3Х3-5 капки, като постепенно в продължение на 10-15 дни се достигне до средната терапевтична доза възрастни - 3Х15-20 капки. Това постепенно увеличаване има и друг смисъл: тъй като много пациенти реагират добре и на по-ниски дози, например, 2-3х7-10 капки, в ако в хода на постепенното увеличаване усетят подобрение, могат да продължат лечението на съответната доза. Тъй като дозирането на Цитросепт, както и на повечето лечебни субстанции, е индивидуално, съществува и индивидуално-оптимална доза. В някои случаи (тежки хронични заболявания, наднормено тегло и др.) индивидуалната доза може да се окаже по-висока от средната 3Х15-20 капки и ако пациента не усеща подобрение може да увеличи дозата до 3х25-30 капки. На практика Цитросепт е безвреден и могат да се приемат дози от 3Х50 капки, но това трябва да е обосновано, например при първите симптоми на грипа.
Освен постепенното повишаване на дозата, за да се избегне реакцията на Херцхаймер, добре е да се приемат повече течности, да се премине на плодово-зеленчукова диета, намалено количество месо и концентрирани захари.